Tujuan didirikannya Ponpes Inayatullah adalah sebagai berikut.

1. Menyiapkan santri yang mempunyai kemampuan keilmuan agama mendalam serta mampu mengembangkannya
2. Menyiapkan santri sebagai kader bangsa yang tangguh, memiliki keimanan dan ketakwaan kepada Allah SWT, berakhlak mulia, terampil, dan beramal shaleh
3. Menyiapkan santri yang menghargai nilai-nilai ilmu agama dan kemanusiaan.

Visi Ponpes Inayatullah adalah sebagai berikut.

1. Membentuk generasi Islam yang mampu menerapkan lima visi dasar pesantren, yakni: berilmu, beramal, berdakwah, bersabar, dan tawakal.
2. Mencetak generasi Islam yang mampu menjadi penerus perjuangan dan cita-cita para kiai dan para ulama’ ala thoriqoh ahlussunnah waljama’ah.

Untuk mewujudkan visi tersebut, beberapa misi yang ditetapkan adalah sebagai berikut.

1. Melaksanakan dan mengembangkan pendidikan berbasiskan pesantren.
2. Mensyiarkan nilai-nilai agama Islam ke masyarakat.
3. Menyelenggarakan pendidikan keterampilan santri.
4. Mencetak generasi yang mukmin dan mukhlis, yang mempunyai kemampuan keilmuan keagamaan yang mendalam, mampu mengembangkan dan menerapkan ajaran Islam secara utuh (kaffah), serta bertanggung jawab pada agama, bangsa, dan negara.