Pondok Pesantren Inayatullah merupakan salah satu pondok pesantren yang terletak di wilayah Daerah Istimewa Yogyakarta, tepatnya di Jalan Monjali Nomor 20 RT 01 RW 38, Dusun Nandan, Desa Sariharjo, Kecamatan Ngaglik, Kabupaten Sleman, Propinsi Daerah Istimewa Yogyakarta. (Lihat Lokasi Pondok)

Pada tahun 1990, Dusun Nandan terdiri atas kurang lebih 300 kepala keluarga, dengan 90% lebih penduduknya beragama Islam. Di dusun ini hanya terdapat sebuah masjid kecil berukuran 7x9m². Dengan kondisi seperti itu, penduduk berusaha mewakafkan sebidang tanah seluas 1000m².

Kemudian, di atas tanah tersebut dibangun masjid seluas 12x10m² dan aula seluas 10x15m² yang ditujukan untuk kegiatan pendidikan Al-Qur’an atau pengajian, yang selanjutnya dikembangkan menjadi pondok pesantren. Seiring perkembangannya, santri di Ponpes Inayatullah berasal dari berbagai universitas, di antaranya UGM, UNY, UTY, UIN, UAD, UII, dan dari beberapa MA/SMA/SMK. Selain mengaji, beberapa santri di Ponpes Inayatulah bertanggung jawab atas pengelolaan TPA Inayatullah untuk anak-anak di Dusun Nandan dan sekitarnya.

Dilihat dari segi material, Ponpes Inayatullah memiliki 6 kamar untuk santri putra, 1 kamar pengurus santri putra, 10 kamar santri putri (yang statusnya saat ini masih mengontrak), 5 kelas untuk madrasah, 1 aula, 1 kantor, 1 perpustakaan, 1 ruang dan kamar tamu, 4 kamar mandi, 3 WC untuk santri putra, dan 4 kamar mandi untuk santri putri.