Dalam hal kurikulum pendidikan (madrasah diniyah), Ponpes Inayatullah mempunyai 5 tingkat kelas, yaitu kelas Ibtida’, Jurumiyah, ‘Imrithi, Alfiyah 1 dan Alfiyah 2.  Dalam satu tahun ajaran terdapat dua kali ujian, yaitu ujian semester ganjil dan ujian semester genap (ujian kenaikan kelas). Ujian tersebut meliputi ujian qiroatul kitab, ujian hafalan dan ujian tulis. Setelah selesai ujian, santri akan diberikan rapor yang berisi nilai dari setiap mata pelajaran pondok yang diajarkan dan hasil dari ujian qiroatul kitab dan hafalan. Berikut adalah tingkatan kelas dan daftar kitab yang diajarkan dalam kurikulum pendidikan Pondok Pesantren Inayatullah

No	Mata Pelajaran	Kitab	Pengajar
Kelas Ibtida’
1	Tauhid	Qotrul Ghoits	Ust. Lathif
2	Fiqih	Safinatun Najah	Ust. Afina
3	Nahwu	Syabrowi Syafii	Ust. Habib
4	Sorof	Amtsilatut Tasrifiyyah	Ust. Imron
5	Akhlaq	Taisirul Kholaq	Ust. Lathif
6	Tajwid	Fathul Manan	Ust. Fikri
Kelas Jurumiyyah
1	Tauhid	Fathul Majid	Ust. Taher
2	Fiqih	Taqrib	Ust. Fikri
3	Nahwu	Jurumiyyah	Ust. Tafrichan
4	Sorof	Kailani	Ust. Ikfi
5	Akhlak	Ta’lim Muta’alim	Ust. Arifur
Kelas ‘Imrithi
1	Tauhid	Kifayatul ‘Awam	Ust. Miftah
2	Fiqih	Taqrib 2	Ust. Ismail
3	Nahwu	Fathu Rabbil bariyyah	Ust. Ikfi
4	Akhlaq	Nashoihul ‘Ibad	Ust. Faiz
5	Sorof	Maqsud	Ust. Hakim
Kelas Alfiyah 1
1	Tasawuf	Nashoihud Diniyah	Ust. Miftah
2	Nahwu	Ibnu ‘Aqil	Ust. Miftah
3	Fiqih	Fathul Qorib	K. Saiful Anam
4	Akhlak	Nashoihul ‘Ibad	Ust. Ismail
5	Ushul Fiqih	Faroidul Bahiyyah	K. Chamdani Yusuf
Kelas Alfiyah 2
1	Tasawuf	Nashoihud Diniyah	K. Saiful Anam
2	Nahwu	Ibnu ‘Aqil	Ust. Miftah
3	Fiqih	Fathul Mu’in	K. Chamdani Yusuf
4	Akhlak	Nashoihul ‘Ibad	K. Zumroni