Kegiatan di Ponpes Inayatullah dibagi menjadi kegiatan malam dan kegiatan pagi. Kegiatan malam dimulai dari Maghrib sampai pukul 22.00 WIB. Kegiatan tersebut meliputi sholat Maghrib berjama’ah, pembacaan Surat Al-Fatihah 11 kali, tadarus Al-Qur’an, mengaji kitab hadits (bandongan), sholat Isya’ berjama’ah, madrasah, kemudian ditutup dengan kajian kitab (bandongan).

Sementara itu, kegiatan pagi dimulai dari Shubuh sampai pukul 06.00 WIB. Kegiatan pagi hari meliputi sholat Shubuh berjama’ah, mujahadah, sorogan Al-Qur’an, setoran hafalan, dan musyawarah. Rincian jadwal kegiatan harian Ponpes Inayatullah terurai dalam tabel berikut ini.

NO	JAM	KEGIATAN	KETERANGAN
1	Waktu Maghrib	Sholat Maghrib berjama’ah
2	Setelah Maghrib – Waktu Isya’	Tadarus Al-Qur’an dan ngaji bandongan (Kitab Riyadush Sholihin)	Seluruh santri
3	Waktu Isya’	Sholat Isya’ berjama’ah
4	Setelah Isya’ – 19.45	Waktu senggang	Persiapan madrasah diniyah
5	19.45 – 21.00	Ngaji madrasah diniyah	Per kelas sesuai jadwal (Lihat Kurikulum Pendidikan)
6	21.00 – 22.00	Ngaji bandongan (Kitab Tafsir al-ibris, al-iklil)	Seluruh santri (Kondisional)
7	22.00 – Waktu Shubuh	Waktu senggang/belajar mandiri	–
8	Waktu Shubuh	Sholat Shubuh berjamaah
9	Ba’da Shubuh – 06.00	Mujahadah (Rotib Al-Hadad), Sorogan Al-Qur’an / Musyawarah / Hafalan	Seluruh santri
10	06.00 – Maghrib	Kegiatan mandiri	Kegiatan sekolah / kuliah

Jam wajib di pondok santri adalah maghrib sampai selesai ngaji pagi. Selain kegiatan pokok di atas, terdapat kegiatan lain yaitu kegiatan ekstrakulikuler seni hadroh. Setiap santri diwajibkan mengikuti kegiatan ini. Latihan diadakan seminggu sekali, yaitu di hari Minggu. Santri yang sudah cukup mahir akan menjadi tim inti dari grup Sholawat Hayatul Qulub. Kegiatan lain selain hadroh antara lain piket harian per kamar, piket ndalem (untuk santri putri), ronda kampung setiap malam Sabtu (untuk santri putra), kerja bakti, tahlilan, dan pengajian selapanan.