Biaya pendaftaran santri baru di Pondok Pesantren Inayatullah tahun ajaran 2020/2021 dengan rincian sebagai berikut:
Biaya Santri Baru Rp 1.495.000
| NO | JENIS PEMBAYARAN | BIAYA | KETERANGAN |
| 1 | Uang Gedung | Rp 500.000 | |
| 2 | Jariyah Pembangunan | Rp 500.000 | |
| 3 | Syahriah Bulan Awal | Rp 210.000 | |
| 4 | Kitab-kitab | Rp 165.000 | Sesuai kelas |
| 5 | Seragam | Rp 100.000 | Baju batik |
| 6 | Administrasi | Rp 20.000 | |
Selain biaya di atas, ada syahriah bulanan yang menjadi kewajiban setelah santri terdaftar dan efektif mengikuti kegiatan pondok pesantren. (Lihat Biaya Syahriah)